都会の生活を思う存分に堪能して暮らしていた女子高生――望月コノハは、父の「家族で民宿をしたい」という夢のため、家族と一緒に山梨県早川町に引っ越しさせられてしまう。 あたり一面緑に囲まれた超ド田舎でふてくされたコノハは、言葉を話す不思議なカラスに導かれ、樹齢1300年を超える大杉にたどり着く。 そこでコノハは『モノノケ』と呼ばれる人ならざる妖怪・怪異の世界に巻き込まれていく……。